Los programas y publicaciones de Iker Jiménez dedicados a lo paranormal son objeto de juicios muy críticos por parte de algunos científicos y escépticos, que ven en ellos una explotación de la credulidad de la gente, y por parte de algunos educadores, algunos sectores del periodismo, que los sitúan en el mismo campo de la degradación de la profesión que los reality shows y otras formas de lo que, aplicado a la televisión, es llamado telebasura, e incluso por parte de otros investigadores del misterio.
Alerta OVNI
La alerta OVNI citada con anterioridad llevó a periodistas de entornos críticos organizaron un burlesco proyecto Magonia, invitando al público a construir OVNIs de pega (OVI, objetos volantes identificados) para poner de relieve la escasa fiabilidad de los testimonios en ese tipo de eventos.
Tumbas sin nombre
Una acusación de fraude que conmocionó al mundo del misterio es debida a su libro Tumbas sin nombre, en el que se intenta, mediante un "análisis" de pretensiones forenses, identificar las caras de Bélmez con antepasados reales de la dueña de la casa de las caras. En la página 47 se presenta una fotografía de un Guardia Civil a quien se identifica con la "teleplastia" denominada La Pava. Sin embargo, en la página 30 y en el informe central del libro, donde se pueden ver las comparaciones de la imagen del Guardia Civil y La Pava, se aprecia claramente que la copia de la fotografía ha sido manipulada para que coincida con la supuesta "teleplastia". Se sabe, así mismo, que la fotografía llegó así alterada a los autores del análisis José Manuel García Bautista y Rafael Cabello Herrero, según consta en la página 113 del libro y que Iker Jiménez afirmó no haber editado dicha fotografía.
Aunque Iker Jiménez nunca ha querido contestar a las acusaciones de fraude por lo sucedido con este libro, en ediciones posteriores ha introducido una nota en la que informa de la manipulación de la imagen, aunque no en el informe central, lo que sigue llevando a confusión.
El astronauta fantasma
En junio de 2006 el programa Cuarto Milenio analizó la eliminación de los archivos soviéticos de toda la información relativa al astronauta Ivan Stochnikov, desaparecido en el curso de la misión Soyuz 2, el 25 de octubre de 1968, hipotetizando que fue como resultado de una abducción. La presentación como cierta de esta historia, un montaje de 1997 por el fotógrafo Joan Fontcuberta, Premio Nacional de Fotografía 1998 (Ivan Stochnikov es la traducción de su propio nombre), ha multiplicado las acusaciones de deshonestidad y de incompetencia contra Iker. Dicho montaje fue objeto de una exposición en 1997, de la cual existe también una versión permanente en la web. Por su parte, Joan Fontcuberta se felicitó por la oportunidad abierta por este suceso para que se abra un debate público sobre la deontología periodística, ya que no es la única ocasión en que ha logrado que se publiquen como auténticas sus bromas en un medio periodístico profesional. Este ha sido uno de los casos que más mella han hecho en la reputación de Iker Jiménez como investigador y periodista, y en sus programas televisivos y/o radiofónicos, siendo uno de los más sonados. La información fue presentada por un redactor del programa e Iker Jiménez hizo una escueta y breve rectificación a la semana siguiente.
El cadáver de Boisaca
En su libro Enigmas Sin Resolver, Iker Jiménez recogió un suceso ocurrido en Santiago de Compostela en mayo de 1988, en el que un tren arrolló a un joven que iba caminando por las vías a su paso por el puente de Paredes. El estado en el que quedó el cuerpo, enterrado en una fosa común del cementerio local en el barrio de Boisaca, el que no llevara encima ningún tipo de documentación y unido al hecho de que no se idenficase al joven por las huellas dactilares, hizo que numerosos periodistas del misterio, entre ellos el propio Iker Jiménez, alimentasen el caso con teorías acerca de la identidad del joven, desde que se trataba de un enfermo mental extraviado, un niño salvaje o, como lo describió el propio Iker Jiménez en su libro, un "temponauta". La historia fue bautizada como el "Caminante", el "Cadáver" o "el niño" de Boisaca. De hecho, Iker Jiménez le dedicó varios programas, en Milenio 3 y en Cuarto Milenio, valiéndose de expertos forenses como el psiquiatra José Cabrera y recreando la historia mediante dramatizaciones.
Finalmente, en enero de 2009, más de veinte años después, una prueba de ADN demostró que se trataba de un joven de 22 años llamado Óscar Ortega Vasalo, que había desaparecido de su casa de Barcelona un mes antes. De hecho, la ficha de Óscar figuraba en la web Inter-Sos de personas desaparecidas. La causa del accidente apunta a un suicidio. La familia sigue intentando recuperar sus restos de la fosa común.